W 1905 r. Kolegium Kościelne zboru Ewangelicko - Augsburskiego powołało, na wniosek ks. Juliana Machlejda, komitet przygotowujący otwarcie miejskiej szkoły średniej z wykładowym językiem polskim. Patronem szkoły został Mikołaj Rej. W 1906 r. 200 uczniów rozpoczęło pierwszy rok nauki. Wychowankowie wzięli udział w wojskowych organizacjach niepodległościowych. Podczas II Wojny Światowej zginęło ok. 300 nauczycieli, wychowanków i uczniów szkoły. W 1940 r. rozpoczęło się tajne nauczanie, organizowano m.in. tajne matury. W czasie Powstania Warszawskiego część gmachu została zburzona. Zajęcia zostały wznowione 1 września 1947 r. Od 1949 r. nauka odbywa się w macierzystym gmachu szkoły. Placówka została upaństwowiona w 1952 r.

W 1978 r. powstało Koło Wychowanków Gimnazjum i Liceum Mikołaja Reja. Z inicjatywy Dyrekcji i Koła Wychowanków Gimnazjum i Liceum Reja również w 1978 roku została otwarta Sala Tradycji Szkoły, która pełni ważną rolę edukacyjną. Zgromadzone w niej pamiątki pokazują historię i tradycje szkoły oraz osiągnięcia jej wychowanków od początku istnienia szkoły tj od 1906 roku.

W sali tradycji odbywają się lekcje poświęcone historii szkoły, spotkania z gośćmi zaproszonymi na święta i uroczystości szkolne. Sala ta jest również miejscem, w którym spotykają się na posiedzeniach członkowie Koła Wychowanków stale utrzymujący kontakt ze szkołą i biorący udział w najważniejszych wydarzeniach z jej życia.

Liceum ma sztandar, dewizę i godło.

Symbolem szkoły jest błękitny sztandar z popiersiem Reja na awersie z napisem w otoku "Stałość z prawdą społu z sobą rostą", na rewersie monogram (godło) z napisem od góry: "XI Liceum im. Mikołaja Reja oraz z datą otwarcia szkoły - 1906" Na szczycie drzewca sztandaru godło państwowe - orzeł w koronie.

Dewiza szkoły brzmi: MACTE ANIMO. Pochodzi ona z poematu "Tebaida" napisanego przez poetę rzymskiego Stacjusza (Publius Papinius Statius, ok. 45-ok. 96 r. n.e.), opisującej walkę Polinika z Eteoklesem o Teby. "Macte animo iuvenis! Medios paret ire per enses nudaque pro cares opponere pectore muris" (Księga VII, wiersz 280-281), co oznacza: "Odwagi młodzieńcze! Trzeba być gotowym iść na obnażone miecze i wystawiać obnażoną pierś za najbliższych".

Godłem-monogramem szkoły są splecione trzy litery: S, M, R - Szkoła Mikołaja Reja na błękitnym tle.