- 1906 - 1917 ks. Julian Machlejd
- 1917 - 1921 Jan Kozakiewicz
- 1921 - 1941 Adolf Rondthaler
- 1941 - 1944 Kazimierz Kosiński
- 1947 - 1949 Helena Bursche
- 1949 - 1951 Feliks Gloeh
- 1951 - 1954 Aleksander Ratyński
- 1954 - 1963 Antoni Pawłowski
- 1963 - 1976 Jerzy Pietkiewicz
- 1976 - 1977 Wiesław Podziemski
- 1977 -1984 Witold Kaliński
- 1984 - 1985 Stanisława Drozdowska
- 1985 - 1992 Bogumił Artur Węgiełek
- 1992 - 2008 Jerzy Gniadek
- 2008 - 2017 Arkadiusz Krużyński
- 2017 - 2018 Jerzy Dzik
- 2018 - Małgorzata Wojtysiak
ks. Julian Machlejd
Ksiądz pastor Julian Machlejd był założycielem i pierwszym dyrektorem męskiego gimnazjum Reja. Stanowisko powierzono mu 1 września 1906 roku. Za jego kadencji gimnazjum przeniosło się do własnego nowoczesnego budynku szkolnego. Od września 1913 roku nauka odbywała się w gmachu przy Placu Małachowskiego 1. W okresie pełnienia funkcji dyrektora, szkoła poddawana była zabiegom rusyfikacji i tylko dzięki talentowi dyplomatycznemu dyrektora Machlejada liczba godzin języka polskiego nie została zredukowana. Walka o polskość szkoły przekształciła się w walkę z germanizacją. Dyrektor Machlejd przeciwstawiał się ingerencji władz pruskich w sprawy szkoły i zakusom germanizacyjnym. Liczba uczniów w czasie jedenastoletniej pracy na stanowisku dyrektora wzrosła czterokrotnie, a gimnazjum Reja cieszyło się opinią jednego z najlepszych gimnazjów warszawskich. Ks. Julian Machlejd odszedł z dyrekcji szkoły w lipcu 1917 roku.
Pozostały wspomnienia wychowanków:
Gdy przechodził korytarzem w czasie pauzy, wszyscy uczniowie ustawiali się pod ścianami na baczność w zupełnej ciszy.
Dyrektor w latach 1917 – 1921
Jan Kozakiewicz
Jan Kozakiewicz, nauczyciel matematyki i fizyki, na stanowisko dyrektora został powołany w 1917 roku. Okres pełnienia funkcji dyrektorskiej (1917–1921) był okresem trudnym. Już w 1918 roku zamknięto niektóre klasy, ponieważ młodzież coraz liczniej wstępowała do wojska. Wielu Rejaków, nauczycieli i uczniów, brało udział w walkach o niepodległość kraju. Był to trudny egzamin dla Rejaków, który wielu przypłaciło życiem. W obliczu takich okoliczności dyrektor J. Kozakiewicz nie ustawał w pracy i życie szkolne toczyło się normalnym torem. Jego troska nad uczniem i nauczycielem, równowaga i spokój udzielały się wszystkim, którzy mieli z nim kontakt. Rok szkolny 1920/1921 był ostatnim rokiem kierowania szkołą przez Jana Kozakiewicza, który wyczerpany pracą w trudnych warunkach, powrócił na stanowisko nauczyciela.
Uczniowie tak wspominali swojego dyrektora:
Był to człowiek tak wielkiej dobroci, że tą cechą opanował całą naszą młodzieńczo-rozhukaną gromadę klasową.
Dyrektor w latach 1921 – 1941
Adolf Rondthaler
1 sierpnia 1921 dyrektorem szkoły został ks. Adolf Rondthaler, nauczyciel religii ewangelicko-augsburskiej. Wcześniej, w latach 1905 -1906, był powołany do sekcji pedagogicznej organizującej się szkoły. Cieszył się ogromnym autorytetem wśród uczniów i nauczycieli. Nie był to autorytet oparty na strachu, lecz pozyskany dobrocią i mądrością. Z inicjatywy dyrektora wprowadzono w szkole kierunek wychowawczy oparty na metodzie psychologii indywidualnej Alfreda Adlera, według której stosunek nauczyciela do ucznia powinien być oparty na życzliwości i zaufaniu. Dyrektor był dobrym psychologiem i pedagogiem. Kierowanej przez siebie szkole nadał atmosferę tolerancji i szeroko pojętego humanizmu. W ramach akcji tworzenia osiedli szkolnych, w 1930 roku pomysłem dyrektora, było utworzenie własnego osiedla Rejówka, które jak pisał sam dyrektor Adolf Rondthaler:
Rejówka ma stanowić nierozdzielną część gimnazjum im. M. Reja i ma służyć jako poważny środek pomocniczy w pracy wychowawczej.
Umiejętne kierowanie szkołą, doskonale dobrani nauczyciele i wysoki poziom nauczania sprawiły, że do 1939 roku prywatne gimnazjum przechodziło swój najświetniejszy okres w dziejach szkoły. Kolejne lata przyniosły ogromne zmiany. Wielu uczniów i nauczycieli rozpoczęło walkę na terenie całego kraju i w różnych formacjach. Nauka przeniosła się do prywatnych mieszkań nauczycieli i uczniów. Ksiądz Adolf Rondthaler był współorganizatorem tajnego nauczania.
Dyrektor w latach 1941 -1944
Kazimierz Kosiński
Kazimierz Kosiński był nauczycielem języka polskiego i wicedyrektorem szkoły od 1925 roku. Po śmierci dyrektora Rondthalera aż do wybuchu Powstania Warszawskiego (1941-1944) był dyrektorem szkoły działającej wówczas konspiracyjnie. Przez cały okres okupacji niemieckiej dyrektor Kosiński organizował i kierował tajnym nauczaniem. Lekcje odbywały się w jego mieszkaniu, jak i w mieszkaniach innych nauczycieli. Dyrektor Kosiński był znaną postacią życia literackiego i intelektualnego Warszawy. Pisarz, poeta, krytyk literacki, autor ponad 40 książek, tomików poezji, opracowań filozoficzno-historycznych. Wychowankowie wspominali:
My, maturzyści z roku 1935, byliśmy podobno rocznikiem o zdecydowanie humanistycznych zdolnościach i zamiłowaniach. Rozbudziły je w nas wykłady Kazimierza Kosińskiego , który potrafił nimi zafascynować. Mówił prostą, wyborną polszczyzną tak sugestywnie i tak głęboko ujmując omawiany problem , że każdy niemal jego wykład stanowił dla nas prawdziwe przeżycie intelektualne.
Był w szkole wielkim autorytetem i uwydatniał to, co nazywa się szkołą Rejowską szukającą metod wychowawczych w najlepszych wzorach edukacji i tolerancji.
Dyrektor w latach 1947 – 1949
Helena Bursche
Od roku 1947 dyrektorką szkoły została nauczycielka języka angielskiego Helena Bursche, która wcześniej była kierowniczką gimnazjum Wazówny. W tym czasie szkoła rozpoczęła swoją działalność jako koedukacyjne Liceum Mikołaja Reja. Pani Dyrektor zajmowała się sprawami dydaktycznymi i organizacyjnymi szkoły. Wspólnie z Komitetem Rodzicielskim organizowała, między innymi, dożywianie młodzieży w zimie. Zastępcą dyrektora był Feliks Gloeh, który kierował pracami przy odbudowie siedziby szkoły Reja przy Placu Małachowskiego.
Dyrektor w latach 1949 – 1951
Feliks Gloeh
Pastor Feliks Gloeh po wojnie jako pierwszy zorganizował Gimnazjum, początkowo w baraku przy ulicy Puławskiej 2., a następnie uruchomił odbudowę gmachu przy placu Małachowskiego. Zezwolenie na odbudowę dostał na 3 lata, gdyż budynek przeznaczony był do rozbiórki. Dzięki licznym „Rejakom” urzędującym na różnych wysokich stanowiskach doprowadził budowę do końca i był pierwszym po wojnie dyrektorem tego Gimnazjum, aż do upaństwowienia szkoły. Pastor A. Gloeh, nauczyciel religii ewangelicko-augsburskiej, cieszył się w szkole dużą popularnością nie tylko wśród uczniów ewangelików.
Tak dyrektora wspominali jego wychowankowie:
Pamiętam jak przyszedł pewnego razu w mundurze pułkownika. Lecz nie był to zwykły mundur. Był to frencz skrojony na wzór żakietu z długimi połami. Nominacja na pułkownika związana była z powierzeniem mu funkcji kapelana wojskowego dla żołnierzy ewangelików, a my byliśmy dumni, ze mamy u Reja pastora o tak wysokiej randze wojskowej, bo stopnie wojskowe w II Rzeczypospolitej Polskiej cieszyły się ogromnym prestiżem całym społeczeństwie.
Dyrektor w latach 1951 -1954
Aleksander Ratyński
Aleksander Ratyński, nauczyciel historii, był pierwszym dyrektorem Szkoły Reja po upaństwowieniu. Objął Szkołę składającą się z ośmiu oddziałów do których uczęszczało 320 uczniów. W tym okresie klasy były bardzo liczne (do 60 uczniów) a szkoła borykała się z brakiem nauczycieli. Ówczesna szkoła polska była jedenastolatką, przy czym klasy VIII-XI odpowiadały dawnej szkole średniej, w której nauka kończyła się maturą. Ratyński Aleksander pełnił funkcję dyrektora szkoły przez dwa lata.
Dyrektor w latach 1954 – 1963
Antoni Pawłowski
Polonista Antoni Pawłowski objął stanowisko dyrektora szkoły we wrześniu 1954 roku. Dotychczasowy nauczyciel szkoły, z dużym stażem nauczycielskim, posiadał olbrzymią wiedzę o zasadach pracy szkoły. To zdecydowało, że jego kadencja odcisnęła piętno na organizacji i metodach pracy szkoły, ukształtowała jej humanistyczne oblicze. Dyrektor bardzo dbał o rozwój pracy samokształceniowej nauczycieli w zespołach przedmiotowych, kładł duży nacisk na podniesienie poziomu nauczania. Dyrektor Antoni Pawłowski dbał o stworzenie dobrze współpracującego zespołu nauczycielskiego.
Dyrektor w latach 1963 -1976
Jerzy Pietkiewicz
Jerzy Pietkiewicz, nauczyciel języka rosyjskiego, objął stanowisko dyrektora szkoły w 1963 roku. W tym czasie istnienie szkoły zostało zagrożone ze względu na warunki lokalowe. Dyrektor zdecydowanie przeciwstawił się zakusom Kuratorium Warszawskiego likwidacji liceum. W obronie szkoły stanęli również jej wychowankowie i w efekcie tych działań podjęto decyzję o zachowaniu szkoły i rozbudowie jej siedziby. W 1965 roku zakończyła się rozbudowa szkoły wzdłuż placu Małachowskiego, młodzież otrzymała 15 sal lekcyjnych, szatnię, stołówkę i salę gimnastyczną. Szkoła mogła się rozwijać. Szybki wzrost ilościowy uczniów spowodował zatrudnienie dużej grupy dobrze przygotowanych nauczycieli. W czasie kadencji dyrektora w 1971 roku utworzono w Liceum pierwszą w Warszawie klasę humanistyczną, w następnych latach pojawiły się programy profilowe klas biologiczno-chemicznych i matematycznych. Szkoła dochowała się również pierwszych uczestników i laureatów olimpiad przedmiotowych, osiągała dobre wyniki w grach sportowych, mogła się pochwalić dobrym chórem.
Dyrektor w latach 1976 – 1977
Wiesław Podziemski
Wiesław Podziemski objął funkcję dyrektora szkoły po odejściu Jerzego Pietkiewicza. Nauczyciel wychowania technicznego po roku pracy na stanowisku dyrektora zrezygnował z funkcji i przeszedł do innej szkoły.
Dyrektor w latach 1977- 1984
Witold Kaliński
Witold Kaliński, polonista, którego głównym założeniem wychowawczym był dialog z młodzieżą. W czasie pełnienia funkcji dyrektora szkoły ukonstytuowało się Koło Wychowanków Szkoły Reja oraz została otwarta Sala Tradycji. Polityka wychowawcza dyrektora polegała na zwiększeniu aktywności i zaangażowania młodzieży w życie szkoły. Właśnie w tym czasie Samorząd uczniowski stał się aktywnym reprezentantem uczniów. Młodzież uczestniczyła w radach pedagogicznych, w przydziale stypendiów, w ewaluacji pracy własnej. W czasie pracy dyrektora Kalińskiego powstała nowa forma konkursów, tzw. sympozja przedmiotowe, organizowane raz w roku w wybranych dyscyplinach wiedzy. Sympozja miały charakter międzyszkolny, a zapraszano na nie wybitnych reprezentantów danej gałęzi nauki. W 1981 roku Szkoła obchodziła jubileusz 75-lecia istnienia. Cennym dokumentem tego jubileuszu był wydany na tę okoliczność pamiątkowy medal. W 1984 roku dyrektor Witold Kaliński przeszedł do pracy w Ministerstwie Oświaty i Wychowania.
Dyrektor w latach 1984 – 1985
Stanisława Drozdowska
Po odejściu Witolda Kalińskiego funkcję dyrektora szkoły objęła nauczycielka języka polskiego Stanisława Drozdowska, Pani dyrektor kontynuowała styl i metody pracy swojego poprzednika. W tym czasie przeprowadzano w szkole różne prace remontowe, które w związku z jednoczesnym prowadzeniem zajęć lekcyjnych, wymagały dobrej organizacji i odpowiedniego nadzoru robót. Pani Drozdowska przeszła na emeryturę w 1985 roku.
Dyrektor w latach 1985 – 1992
Bogumił Artur Węgiełek
Kadencja Bogumiła Artura Węgiełka, nauczyciela geografii, przypadła na lata 1985-1992. Mimo pogarszających się warunków ekonomicznych, szkoła nadal się rozwijała. Nawiązano współpracę ze szkołami w Holandii, Francji i Rosji. Szkoła w czasie kadencji dyrektora Węgiełka dostosowywała się do nowej rzeczywistości. We współpracy z Wydziałem Chemicznym UW utworzono klasę o profilu chemicznym. W 1990 roku utworzono dwie eksperymentalne klasy: matematyczno-fizyczną z rozszerzonym programem nauczania informatyki oraz klasyczną z rozszerzonym programem nauczania języków klasycznych z elementami kultury antycznej. Do nowo utworzonych profili wprowadzono programy autorskie, których autorami byli nauczyciele szkoły. W czasie kadencji Bogumiła Węgiełka w 1986 roku zorganizowano obchody osiemdziesięciolecia szkoły. Dobra współpraca dyrekcji z aktywnie działającym Kołem Wychowanków przyczyniła się do przywrócenia szkole jej symboli. W roku 1988 odsłonięto tablicę pamiątkową ku czci nauczycieli i uczniów, którzy życie oddali dla niepodległej Polski, a w 1989 roku Koło Wychowanków przekazało Szkole nowy sztandar. Dzięki wspólnym staraniom na fasadzie budynku zostało umieszczone historyczne hasło szkoły Macte Animo.
Dyrektor w latach 1992 – 2008
Jerzy Gniadek
Jerzy Gniadek, nauczyciel matematyki i informatyki, dyrektorem szkoły został w 1992 roku. Przed szkołą stało poważne wyzwanie w zakresie wyposażenia klas lekcyjnych dostosowanych do nowo utworzonych profili. Dyrektorowi udało się sprostać tym wymaganiom. Powstały dwie w pełni wyposażone pracownie informatyczne. Poza tym inne pracownie zaopatrzone zostały w nowoczesny sprzęt audiowizualny. Z inicjatywy dyrektora Gniadka powstała nowoczesna biblioteka szkolna. Wielkim wydarzeniem transmitowanym przez media ogólnopolskie i stołeczne, było podłączenie szkoły do Internetu w 1995 roku. Szkoła stała się nowoczesną placówką dbającą o rozwój i doskonałą jakość edukacji. Dyrektor Gniadek był również pomysłodawcą powstania Fundacji Macte Animo Szkoły im. M. Reja, która gromadziła fundusze na użytek szkoły. W tym czasie nawiązano kontakty ze szkołami zagranicznymi i zaczęto organizować naukowe wyjazdy. W czasie kadencji dyrektora Gniadka odbyły się uroczystości dziewięćdziesięciolecia i stulecia istnienia szkoły. W tym czasie szkoła przystąpiła do programu SUS i 2005 roku uzyskała tytuł Szkoły Uczącej Się.
Dyrektor w latach 2008 – 2017
Arkadiusz Krużyński
W 2008 roku stanowisko dyrektora szkoły objął nauczyciel matematyki, Arkadiusz Krużyński. W czasie kadencji dyrektorskiej odbyły się w szkole obchody stupięciolecia i studziesięciolecia istnienia szkoły, uroczystości poświęcone Emilowi Barchańskiemu,.obchody Dni polskich z okazji 91. rocznicy odzyskania Niepodległości. W roku 2010 i 2011 na zaproszenie dyrektora gościła w szkole młodzież i nauczyciele z Izraela ze szkoły w Emek Hefe. Od 1 września 2016 roku dzienniki lekcyjne zaczęły być prowadzone w formie elektronicznej. W plebiscycie 25-lecia rankingu liceów warszawskich, szkoła uzyskała tytuł Szkoły Sukcesu. Gdy liceum obchodziło 105. urodziny, dyrektor podjął starania o zmianę adresu szkoły na historyczny adres budynku. Wkrótce liceum powróciło pod stary adres, Plac Małachowskiego 1. Dyrektor Krużyński dbał o estetykę szkoły. Dzięki jego staraniom przeprowadzony został generalny remont sali gimnastycznej i boiska szkolnego. Wykonane zostały również prace remontowe wewnątrz Szkoły. Budynek otrzymał nową elewację. odnowiony został parking i główne wejście. Arkadiusz Krużyński pełnił funkcję dyrektora do roku 2017.
Dyrektor w latach 2017 – 2018
Jerzy Dzik
We wrześniu 2017 roku dyrektorem p.o. został pan mgr Jerzy Dzik, nauczyciel matematyki i informatyki, który w latach 2008 -2020 pełnił funkcję wicedyrektora szkoły.
Dyrektor w latach 2018 –
Małgorzata Wojtysiak
Pani Małgorzata Wojtysiak, nauczyciel języka polskiego, objęła stanowisko dyrektora szkoły w lipcu 2018.